凤阳县在安徽省植被分区中属北亚热带落叶阔叶与常绿阔叶混交林带、江淮分水岭以北的植被片。地带性植物以落叶树种为主。南部浅山区主要有小叶栎、麻栎、栓皮栎、茅栗、槲树、榉树、朴树、黄连木、盐肤木、化香、黄檩、三角枫等；其次为山槐、黄檀、君迁子、棠梨等，各种野生长绿灌木如小女贞、胡颓子、竹叶椒亦较常见。林下则有胡枝子、卫矛、六月雪以及葛藤、络石藤、金银花、薜荔等落叶和常青藤植物。在荒山丘岗，还散生有山枣、野山楂、狭叶胡椒等灌丛，灌丛下和山坡田埂则生有黄背草、白茅、金草、狗尾草、巴根草、野蓟、鹅观草等草丛。

凤阳县境内兽类有：野兔、狼、獾、黄鼬、刺猥、狐狸、果子狸、豺、水獭、野猪、黄鼠狼等。爬行类：赤链蛇、蝮蛇、菜花蛇、龟、壁虎、水蛇、乌梢蛇、银环蛇。两栖类：青蛙、蟾蜍等。鸟类：斑鸠、杜鹃、鸲鹆、画眉、白头翁、翠鸟、黄鹂、啄木鸟、乌鸦、喜鹊、鸢、大雁、雉、百灵、蜡嘴、山树莺、猫头鹰、池鹭、董鸡、壮翡翠、三宝鸟、灰喜鹊、黑卷尾、小云雀、家燕、麻雀、野鸽、相思鸟、锦鸡、布谷鸟、白颈鸦、灰卷尾、鹦鹉、苦恶等。昆虫类：该县昆虫种类繁多，但除蜜蜂、家蚕外，有资源价值的昆虫较少。此外有：蜈蚣、蚯蚓、土鳖虫、山蜘蛛、山蜗牛等。

凤阳县境内矿藏丰富，已探明金属非金属矿种37种，其中石英岩储量在亿吨以上。金属矿藏中铁矿有一定储量，岩金及红金石——钼矿有较高开采价值。凤阳的铁矿分2个类型，即沉积型铁矿和沉积变质型铁矿，前者分布在凤阳山区南部，后者分布于芦山。共有储量万吨，但矿床品位偏低，都未开采利用]。